手術室是醫用凈化應用最廣泛的地方，凈化手術室能否高效、正常運行取決于醫用凈化工程的質量。在打造凈化手術室的過程中，須注意墻面材料的選擇，空間布局合理方便順暢的人流物流，電源、水源、照明等設施的的安裝等等。具體來說，手術室凈化中應做好如下9個方面。
(1)墻面和天花板采用可隔音、堅實、光滑、無空隙、放火、防濕、易清潔的材料。顏色采用淡藍、淡綠為宜。墻角呈圓形，防止積灰。觀片燈及藥品柜、操作臺等應設在墻內。
(2)門應寬大、無門檻，便于平車出進，應避免使用易擺動的彈簧門，以防氣流使塵土及細菌飛揚。窗應雙層，最好用鋁合金窗框，有利防塵保溫。窗玻璃以茶色為宜。
(3)走廊寬度應不少于2.5m，便于平車運轉及避免來往人員碰撞。
(4)地應采用堅硬、光滑易刷洗的材料建造。地面稍傾斜向一角，低處設地漏，利于排出污水，排水孔加蓋，以免污染空氣進入室內或被異物堵塞。
(5)電源：應有雙相供電設施，以保證安全運轉。各手術間應有足夠的電插座，便于各種儀器設備的供電。插座應有防火花裝置，手術間地面有導電設備，以防火花引起爆炸。電插座應加蓋密封，防止進水，避免電路發生故障影響手術。總電源線集中設在墻內，中央吸引及氧氣管道裝置都應設在墻內。
(6)水源和防火設施：各工作間應安裝自來水龍頭，便于沖洗。走廊及輔助間應裝置滅火器，保證安全。冷熱水及高壓蒸氣應有充分保證。
(7)照明設施：普通照明燈應安裝在墻壁或房頂。手術照明燈應安裝子母無影燈，并備用升降照明燈。
(8)通風過濾除菌裝置：現代手術室應建立完善的通風過濾除菌裝置，使空氣凈化。其通風方式有湍流式、層流式、垂直式，可酌情選用。
(9) 手術室出入路線布局： 出入路線的布局設計需符合功能流程與潔污分區要求，應設三條出入路線，一為工作人員出入路線，二為傷病人出入路線，三為器械敷料等循環供應路線，盡量做到隔離，避免交叉感染。
醫用凈化工程中，在設計時凈化室時要搞清楚分區要求、流程功能，若如不如，這樣的凈化室從設計就有問題，在系統配置、設備功能、用材質量上都存在著很多問題。竣工后，使用中能耗巨大，污染控制效果差。
