據世界衛生組織調查，手術室的空氣中的含菌量與切口感染發生率成正相關。凈化手術室為現代化醫院的重要標志，通過應用手術室空氣凈化系統，同時配以空調系統，可有效滴控制室內的溫濕度和塵埃含量，降低手術感染。
凈化并不等于滅菌，只是通過過濾器除菌、除塵，必須配合地面、墻面、物體表面的清潔、消毒。并注意及時清理空氣過濾裝置，才能保值手術中空氣潔凈，滿足各種手術的需要。此外，還要建立科學的人流、物流流程及嚴格的分區管理，最終最終達到控制微粒污染的效果。
層流潔凈手術室離子過濾能力強，對進入手術室的空氣通過初、中、高效過濾器以控制室內塵埃含量，具有除去99.97%直徑0.5微米以上粒子的能力。此外，空氣呈流線流入室內，以等速通過房間后流出，室內產生的塵埃或微生物不會向四周擴散，隨氣流方面經回風口排出室外，可使室內空氣具有一定的生物潔凈度。
層流手術室凈化又分為垂直層流和水平層流。垂直層流將高效過濾器安裝在房頂上，整個房頂是過濾層，氣流垂直向下，回風口設在靠地面的平面上。水平層流將過濾器安裝在手術病人腳端一側墻面上，水平吹送氣流，回風口設在相對一側近墻面的房頂上。水平空氣流時，手術者身體滴氣流的阻擋，影響了手術區潔凈度;垂直空氣流時，切口在手術者頭部的上風向，也增加了細菌污染的機會，而且投資高。
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